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影响信号强度的因素：质子密度，T1值，T2值，化学位移，液体流动，水分子扩散等。我们可以调整参数，来确定何种因素对于组织信号强度及图像的对比起决定性作用。
常见参数：
1、射频脉冲：带宽（频率范围），幅度（强度），何时施加，持续时间；
2、梯度场：施加方向，场强，何时施加，持续时间；
3、信号采集时刻。
 我们把射频脉冲、梯度场和信号采集时刻等相关各参数的设置及其在时序上的排列称为MRI的脉冲序列。
 脉冲序列的基本构建：由5个部分构成：射频脉冲、层面选择梯度场、相位编码梯度场（在90度脉冲后，180度脉冲前施加）、频率编码梯度场（也叫读出梯度场，必须在回波产生的过程中施加）、MR信号。
TR：重复时间。MRI的信号很弱，为提高MR的信噪比，要求重复使用同一种脉冲序列，这个重复激发的间隔时间即称TR。两个激发脉冲的间隔时间即称TR。
TE：回波时间，即90°射频脉冲放射后到采集回波信号之间的时间。
 采集时间（TA acquisition time）：也叫扫描时间，单次激发EPI：几十毫秒；SE T2WI数十分钟。二维MRI的采集时间TA=TR*n*NEX （n为NEX=1时TR需要重复的次数）对于没有回波链的序列如SE或GRE，n就是相位编码的步级数，对于具有回波链的序列如FSE或EPI，n为相位编码的步级数除以ELT。
 三维是容积采集，需要增加层面方向的相位编码，容积内需要分为几层则需要进行同样步级的相位编码，因此其采集时间TA=TR*n*NEX*S （S为容积范围的分层数）
 层厚决定因素：层面选择梯度场强、射频脉冲的带宽。在二维图像中，层厚即被激发层面的厚度。越薄，空间分辨率越高，但信噪比降低。
 层间距：CT：相邻的两个层面厚度中心的间距，如层厚=1，层间距=1，则相当于没有间隔。但是MRI不同：层厚=1，层间距=0.5，则相当于两层之间0.5cm的组织没有图像。受梯度磁场线性、射频脉冲的频率特性的影响，实际上会有层间干扰，往往需要一定的层间距。
 矩阵：也就是频率编码和相位编码方向上的像素数目，频率编码方向上像素的多少不直接影响图像采集时间；而相位编码方向的像素数目决定于相位编码的步级数，因而数目越大，需要时间越长。
 加权像(weightimage．WI)：为了评判被检测组织的各种参数，通过调节重复时间TR。回波时间TE，可以得到突出某种组织特征参数的图像，此图像称为加权像。